马桶很干净但有臭气可能是由多种原因引起的，以下是一些可能的解决方法：
1. 检查下水道：确保下水道没有堵塞或泄漏。如果下水道堵塞，污水可能会回流并产生异味。可以使用下水道疏通工具或请专业人员来解决堵塞问题。
2. 清洁马桶密封圈：马桶密封圈可能会积累污垢和细菌，导致异味。可以使用专门的马桶密封圈清洁剂或白醋来清洁密封圈。
3. 检查水箱：水箱内可能会滋生细菌和霉菌，导致异味。可以定期清洁水箱，使用水箱清洁剂或白醋来消毒。
4. 更换马桶坐垫：如果马桶坐垫已经磨损或有异味，可以考虑更换新的坐垫。
5. 保持通风：保持卫生间通风良好，可以减少异味的积聚。可以打开窗户或使用排气扇来通风。
6. 使用空气清新剂：可以使用空气清新剂来掩盖异味，但这只是一种临时的解决方案。

如果以上方法都无法解决问题，建议请专业的管道工人或维修人员来检查和解决问题。