马桶旁边的两个孔漏水可能是由以下原因导致的：
1. 排水阀密封不严：排水阀是控制马桶排水的关键部件，如果密封不严，就会导致漏水。
2. 水箱配件损坏：水箱配件包括进水阀、排水阀、浮球等，如果其中任何一个部件损坏，都可能导致漏水。
3. 马桶安装不当：马桶安装不当也可能导致漏水，例如马桶底部密封不严、水箱与马桶连接不紧密等。

针对以上原因，可以采取以下措施进行处理：
1. 检查排水阀密封：如果排水阀密封不严，可以更换排水阀密封垫或整个排水阀。
2. 检查水箱配件：如果水箱配件损坏，可以更换损坏的部件。
3. 重新安装马桶：如果马桶安装不当，可以重新安装马桶，确保马桶底部密封严密，水箱与马桶连接紧密。

需要注意的是，在处理马桶漏水问题时，最好先关闭马桶进水阀，以免造成更大的损失。如果自己无法处理，建议请专业的马桶维修人员进行维修。