如果二楼安装了止回阀，但三楼却发生了水淹的情况，可能有以下原因：
1. 止回阀故障：止回阀可能存在故障或损坏，无法正常关闭，导致水流逆流。这可能是由于止回阀的密封不良、弹簧失效或其他部件损坏引起的。
2. 管道堵塞：尽管二楼安装了止回阀，但如果三楼的排水管道存在堵塞，水流可能无法正常排出，从而导致水淹。堵塞可能是由于杂物、污垢或管道破裂等原因引起的。
3. 水压问题：如果水压过高，可能会超过止回阀的承受能力，导致水流逆流。这可能是由于供水系统的问题或其他因素引起的。
4. 安装问题：止回阀的安装可能不正确，例如安装方向错误或未正确固定。这可能会影响止回阀的正常工作，导致水流逆流。
5. 其他因素：其他因素如地震、管道老化、施工不当等也可能导致三楼水淹的情况。

如果发生了这种情况，建议采取以下措施：
1. 立即关闭水源，以防止水淹情况进一步恶化。
2. 检查止回阀是否正常工作。可以通过观察水流方向、检查密封情况等方式来判断。
3. 检查三楼的排水管道是否存在堵塞。可以使用管道疏通工具或请专业人员进行清理。
4. 检查水压是否正常。如果水压过高，可以联系供水部门进行调整。
5. 如果止回阀存在故障或损坏，需要及时更换或维修。
6. 在解决问题之前，尽量避免使用三楼的排水设施，以免造成更大的损失。

需要注意的是，具体原因可能需要进一步的检查和分析。如果水淹情况较为严重，建议及时联系专业的管道维修人员或相关部门进行处理。同时，为了避免类似问题的再次发生，建议定期检查和维护管道系统，确保其正常运行。