荣耀 Magic3 Pro 充电时手机发热严重，可能是由以下原因导致的：
1. 充电功率过高：该手机支持 66W 有线快充和 50W 无线快充，在快速充电过程中，电流和电压较高，可能会导致手机发热。
2. 环境温度过高：如果在高温环境下充电，手机散热会受到影响，从而导致发热严重。
3. 手机后台运行程序过多：如果在充电时手机后台运行了大量程序，会导致 CPU 高负荷运行，从而产生较多热量。
4. 充电器或数据线问题：使用非原装充电器或数据线可能会导致充电功率不稳定，从而引起手机发热。

针对以上问题，可以尝试以下解决方法：
1. 更换充电器或数据线：使用原装充电器和数据线进行充电，确保充电功率稳定。
2. 避免在高温环境下充电：尽量在室温环境下充电，避免在阳光直射或高温环境下充电。
3. 关闭不必要的后台程序：在充电时关闭不必要的后台程序，减少 CPU 负荷，从而降低手机发热。
4. 降低充电功率：如果手机发热严重，可以尝试降低充电功率，例如使用普通充电器或关闭无线快充功能。
5. 检查手机是否存在故障：如果以上方法都无法解决问题，可能是手机存在故障，建议联系荣耀客服或前往售后维修中心进行检查和维修。

需要注意的是，手机在充电过程中发热是正常现象，但如果发热严重，可能会影响手机的性能和使用寿命，甚至存在安全隐患。因此，在充电时应注意观察手机的温度，避免过度充电和长时间充电。